L’étendue de la compaction de la chromatine peut être étudiée en colorant la chromatine à l’aide de colorants spécifiques de liaison à l’ADN. Au microscope, les régions compactées prennent plus de colorant, apparaissant plus sombres tandis que les régions moins compactes absorbent moins de colorant et paraissent plus claires En fonction du niveau de compactage, les chromatines sont classées en trois formes principales : l’euchromatine, l’hétérochromatine constitutive et l’hétérochromatine facultative.
Euchromatine : C’est la région la moins dense de la chromatine et les taches sont plus claires. L’euchromatine contient de l’histone H3 largement acétylée sur la lysine 9. Les histones dans la région du promoteur ont de la lysine méthylée 4 et une phosphorylation de la position 10. Une acétylation extensive réduit l’attraction entre les histones et l’ADN en relâchant la chromatine.
Hétérochromatine constitutive : c’est une région très compacte de la chromatine qui est principalement concentrée dans le centromère et le télomère. Contrairement à l’euchromatine, l’acide aminé en 9ème position dans la queue des histones H3 est di- ou tri-méthylé. Cela attire une protéine non histone spécialisée appelée protéine d’hétérochromatine 1 (HP1) vers le site méthylé. Il représente la région réprimée de la chromatine. Les chromosomes humains 1,9,16 et le chromosome Y chez les hommes humains contiennent une grande partie d’hétérochromatine constitutive.
Hétérochromatine facultative : cette région est plus dense que l’euchromatine, mais, contrairement à l’hétérochromatine constitutive, la lysine à la 27e position de la queue de l’histone H3 est di- ou tri-méthylée (H3K27me3). Ces régions sont caractérisées par la liaison des complexes répressifs Polycomb : PRC1 et PRC2. On pense que le domaine PRC2 se lie en premier et initie la formation d’hétérochromatine. Les complexes PRC2 contiennent des enzymes histones désacétylases qui inhibent la transcription et provoquent la répression de la chromatine. De plus, le complexe PRC2 contient également le domaine catalytique de plusieurs histones méthyl transférases générant des di-triméthyl lysines. PRC 1 se lie ensuite aux nucléosomes méthylés et condense la chromatine en une structure compacte inhibant la transcription.
