Transkripsiyon uzaması, kopyalanan DNA'nın dizi heterojenliğine bağlı olarak değişen dinamik bir süreçtir. Bu nedenle, bir genin kopyalanması sırasında uzama kompleksinin bileşiminin de yol boyunca değişiklik göstermesi şaşırtıcı değildir.
Transkripsiyon uzaması, transkripsiyon sırasında çeşitli durumlarda RNA polimerazın duraklatılmasıyla düzenlenir. Bakterilerde, bu duraklamalar gereklidir çünkü DNA'nın mRNA'ya transkripsiyonu, bu mRNA'nın bir proteine çevrilmesiyle birleştirilir. Bununla birlikte, ökaryotlarda, transkripsiyon, mRNA işleme ile birleştirilir. Bu nedenle, ekson-intron kavşakları etrafında RNA polimerazın duraklatılması, mRNA birleştirmenin verimliliğini artırmak için gereklidir.
RNA Polimeraz aktivitesindeki bu durmalar tersine çevrilebilir veya geri döndürülemez olabilir. Tersine çevrilebilir bir duraklama durumunda, TFIIF, elonginler, ELL gibi proteinler, RNA Polimerazın kısa bir duraklamadan sonra uzamaya devam etmesini sağlar. Bununla birlikte, RNA Polimeraz aktivitesindeki durma geri döndürülemezse, transkripsiyonel bir durma haline gelir. Transkripsiyon durdurulursa, enzim kendi başına uzamaya devam edemez. Böyle bir durumda, TFIIS ve pTEFb, RNA Polimeraz II'nin transkripsiyonel tutuklama bölgelerinde DNA şablonunu okumasını sağlar.
Ek olarak, ATP'ye bağlı kromatine yeniden modelleme faktörleri ve histon şaperonları da transkripsiyon uzamasının düzenlenmesinde rol oynar. Birlikte, nükleozomların pozisyonlarını DNA ile birlikte değiştirerek, transkripsiyon makinesi tarafından erişilebilir veya erişilemez hale getirebilirler.
Bu nedenle, RNA polimerazın, kromatin ve transkripsiyonu engelleyen belirli diziler arasında gezinmek için çeşitli faktörlerin yardımına ihtiyacı var.
