İçsel olarak düzensiz proteinler, belirli üç boyutlu yapılara katlanmayan bir protein grubudur. Yapısal esneklikleri, katı yapılar ile erişilemeyen işlevleri yerine getirmek için sıralı proteinleri tamamlamalarına izin verir. Ökaryotlarda prokaryotlardan daha yaygındırlar ve sıralı ve düzensiz bölgelerin bir karışımından oluşan, sadece içsel olarak düzensiz veya hibrit proteinler olabilirler. Bu proteinlerde sert bir yapının olmaması, polar ve yüklü amino asit kalıntılarının bolluğuna ve nispeten daha az hidrofobik amino aside bağlanabilir ve bu da sıralı bir yapıyı teşvik eder.
pH ve sıcaklık gibi bazı faktörler, bir proteindeki bozukluğun şeklini ve seviyesini etkiler. Ek olarak, bağlandıkları veya ilişkilendirdikleri diğer proteinler de şekillerini etkileyebilir. Bu bağlanma, birden fazla bağlanma bölgesi yoluyla gerçekleşebilir ve içsel olarak düzensiz bir proteinin veya bölgenin kalıcı veya geçici olarak katlanmasına neden olabilir. Yapısal değişiklikler, moleküler tanıma özelliklerine bağlı olarak yapılır-tanımlanmış yapılara sahip diğer proteinlere bağlandıktan sonra kolayca düzensizlikten düzenli duruma geçişlere maruz kalabilen düzensiz proteinlerin kısa, etkileşime uygun fragmanları.
Protein sentezi sırasında veya sonrasında translasyon sonrası modifikasyonlar, içsel olarak düzensiz proteinlerin yapısına katkıda bulunur. Bunlar, öncü proteindeki bir peptid bağının enzimatik bölünmesini, disülfür bağlarının oluşumunu ve proteinlerin diğer moleküller veya kimyasal gruplarla kovalent modifikasyonlarını içerebilir.
