植物は多くの生物の栄養源となっているため、草食動物や感染症の標的となります。植物は適切な免疫システムを持たないにもかかわらず、これらの攻撃をかわすために、構成的および誘導的な防御を発達させてきました。
機械的防御は、植物の第一の防御ラインです。草食動物から植物を守るのは、樹皮が形成する厚いバリアです。また、硬い殻や、とげのように加工された枝葉は、草食動物が植物を捕食するのを阻止できます。他にも、ワックス状のクチクラ、表皮、細胞壁、トリコームなどの物理的なバリアが、いくつかの病原体の侵入を防ぐのに役立ちます。
植物は、草食動物や病原体から身を守るために、テルペン類、フェノール類、配糖体、アルカロイドなどの二次代謝産物の形で化学物質や有機化合物を生産することもあります。二次代謝産物の中には、他の生物に対して毒性や致死性を持つものも多いです。二次代謝産物の中には、有害な臭いや味、アレルギーを引き起こす性質を持つものがあり、捕食者を撃退します。
植物はまた、活性部位をブロックしたり、酵素の構造を変えたりすることで、病原体タンパク質や病原体酵素を特異的に阻害するタンパク質や酵素を作り出します。ディフェンシン、レクチン、アミラーゼインヒビター、プロテイナーゼインヒビターなどのタンパク質は、病原体の攻撃時に大量に生産され、活性化されて効果的に侵入を阻止します。
さらに、植物は、動物の自然免疫システムに似た、病原体にあらかじめ局所的にさらされることで、全身獲得抵抗性（SAR）のメカニズムを発達させることができます。このメカニズムにより、植物は病原体の存在を感知し、病原体の攻撃に対して防御反応を起こすことができます。
