Qui descritto è un metodo che può essere utilizzato per visualizzare cinque o più parametri fluorescenti mediante microscopia immunofluorescente. Viene delineata una pipeline di analisi per estrarre singole cellule da queste immagini e condurre analisi di singole cellule attraverso strategie di gating simili alla citometria a flusso, in grado di identificare sottogruppi di cellule in sezioni di tessuto.