Este protocolo describe un método simple y rentable para investigar y cuantificar la muerte celular en organoides colónicos humanos en respuesta a perturbaciones citotóxicas como las citocinas. El enfoque emplea un colorante fluorescente de muerte celular (SYTOX Green Nucleic Acid Stain), microscopía de fluorescencia en vivo y software de análisis de imágenes de código abierto para cuantificar las respuestas de un solo organoide a estímulos citotóxicos.