Ce protocole décrit une méthode simple et rentable pour étudier et quantifier la mort cellulaire dans les organoïdes du côlon humain en réponse à des perturbagènes cytotoxiques tels que les cytokines. L’approche utilise un colorant fluorescent de mort cellulaire (SYTOX Green Nucleic Acid Stain), une microscopie à fluorescence en direct et un logiciel d’analyse d’images open source pour quantifier les réponses d’un seul organoïde aux stimuli cytotoxiques.