В данной работе мы описываем протокол оптимизации и параметризации аминокислотных остатков, модифицированных реакционноспособными карбонильными формами, адаптируемыми к белковым системам. Этапы протокола включают в себя проектирование и оптимизацию структуры, назначение зарядов, построение параметров и подготовку белковых систем.
